В начале существования дирекция образовала две школы - немецкую, включающую в себя три класса, и латинскую, включающую два класса. В 1733 году среди курсов для обучения появились греческий язык. чтение римских поэтов. ораторское искусство и логика. Из-за того, что обучение было трудным, многие из учеников покинули школу. Чтобы не допустить полного ее распада руководство позволило принимать на обучение детей среднего класса и даже солдатских. Последние, в свою очередь, со временем составили основу учащихся.
Число учеников все уменьшалось и в 1735 году для поощрения детей ввели стипендии. Но их количество все же неуклонно уменьшалось. Спустя два года на студенческих скамейках осталось лишь 18 ребят. Еще одним шагом на пути привлечения школьников стало введение русского языка. Помимо этого, гимназистов освободили от оплаты. Идея введения русского оказалась невозможной для реализации. Порядочных преподавателей не находилось.
Когда в 1758 году учреждение передали под руководство Михаила Ломоносова, он сумел собрать 40 воспитанников. Устроил низшие русские классы.
В 1805 году учительский состав уменьшился. Несмотря на это, штат гимназического начальства оставался многочисленным. В частности там работали ректор, инспектор, конректор, главный инспектор, а иногда два ректора и два инспектора. Устава не было. Состояние ухудшалось. Этот год стал последним в недолговременной истории существования первой гимназии.